支原体感染能否自愈需根据具体类型和病情程度判断。部分轻症患者可能自愈，但多数情况下需要医学干预以避免病情加重或引发并发症。
支原体感染的自愈能力与个体免疫状态密切相关。对于免疫力较强的年轻患者，若感染局限于上呼吸道且症状轻微，如仅有短暂干咳、低热，可能在充分休息、保证营养后逐渐恢复。但这一过程通常需要1-2周，且期间仍存在传染风险。
当感染累及下呼吸道或泌尿生殖系统时，自愈可能性显著降低。肺炎支原体感染可能发展为支气管炎或肺炎，出现持续高热、剧烈咳嗽等症状；泌尿生殖道感染可能引发尿道炎、宫颈炎等，伴随尿频、尿痛或异常分泌物。这些情况若不及时使用阿奇霉素、多西环素等敏感抗生素治疗，可能导致病情迁延数月，甚至引起心肌炎、肾炎等严重并发症。
病程超过7天无缓解或出现胸痛、血尿、高热等症状时，需立即就医。临床治疗通常根据药敏试验结果选择抗生素，配合雾化吸入、局部冲洗等物理治疗。日常应保持充足睡眠，避免交叉感染，治疗期间禁止性生活，直至复查确认病原体清除。