支原体感染与衣原体感染在病原体类型、感染部位、症状表现等方面存在差异，需通过专业检查进行鉴别。
1、病原体类型
支原体是目前已知最小的无细胞壁原核微生物，而衣原体是专性细胞内寄生的微生物，具有独特的发育周期。支原体可通过过滤菌器，对作用于细胞壁的抗生素天然耐药；衣原体则含有DNA和RNA两种核酸，对抗生素的敏感性不同。
2、常见感染部位
支原体主要引起呼吸道感染（如肺炎支原体）和泌尿生殖系统感染（如解脲支原体）；衣原体常见沙眼衣原体导致眼部和生殖系统感染，肺炎衣原体则引起呼吸道症状。两者的靶器官存在部分重叠但各有侧重。
3、症状表现
支原体肺炎多表现为阵发性刺激性咳嗽，肺部体征较少；衣原体感染生殖系统时可引起尿道刺痛、异常分泌物。沙眼衣原体眼部感染会导致结膜充血、滤泡增生，与支原体感染的临床表现存在差异。
当出现持续咳嗽、泌尿生殖系统不适等症状时，建议及时进行病原体特异性检测。临床医生会根据微生物培养、分子生物学检测结果制定针对性治疗方案，患者应避免自行使用抗生素，以免导致耐药性产生。