长期肩痛引起的肌肉萎缩可能会影响抬手功能，但具体影响程度需根据病因及萎缩程度综合判断。若未及时干预，随着病情进展可能导致活动受限。
肩部肌肉萎缩会减弱关节稳定性，降低肩关节活动范围。例如冈上肌、三角肌等关键肌肉萎缩后，肩关节外展、前屈功能会明显受限，导致穿衣、梳头等日常动作困难。神经损伤性萎缩还可能伴随肌力下降，出现抬手无力现象。
长期肩痛患者建议尽早就诊骨科或康复科，通过MRI或肌电图检查明确病因。针对性进行关节松动术、神经肌肉电刺激等康复治疗，配合渐进抗阻训练可有效改善肌肉功能。日常注意维持关节活动度训练，避免完全制动加重萎缩。