核磁共振的安全性通常更高。由于CT检查使用X射线，存在电离辐射风险，可能对胎儿发育造成影响，尤其是在孕早期。而核磁共振采用磁场和无线电波成像，无电离辐射，对孕妇和胎儿的安全性相对更高，必要时可优先考虑。
CT检查的辐射暴露风险与检查部位、辐射剂量相关。孕早期是胎儿器官形成的关键阶段，此期间进行腹部或盆腔CT可能增加潜在风险。若必须进行CT检查，医生会通过铅防护设备降低胎儿受照剂量，并严格控制扫描范围和参数。核磁共振虽无辐射，但需注意妊娠前三个月尽量避免使用造影剂，且长时间检查可能引起孕妇不适。
孕妇进行影像学检查需严格遵循医生指导，充分权衡风险与必要性。非紧急情况下建议推迟至孕中期后，并优先选择超声等无创检查。若病情需要必须进行CT或核磁共振，需由放射科医生与产科医生共同评估后实施。