小便时尿道刺痛可能是生理性原因所致，也可能与尿路感染、尿道炎、尿道结石等疾病原因有关，建议及时就诊查明病因。
1、生理性原因
长时间饮水过少可能导致尿液浓缩，排尿时浓缩的尿液刺激尿道黏膜，引发刺痛感。这种情况通常无其他伴随症状，通过增加饮水量、稀释尿液后，刺痛感可自行缓解。日常建议保持每日1500~2000ml饮水量，避免憋尿。
2、尿路感染
细菌感染尿道或膀胱时，炎症刺激会引起排尿疼痛，常伴随尿频、尿急、尿液浑浊甚至血尿。常见致病菌包括大肠埃希菌，可通过尿常规、尿培养确诊。一般可遵医嘱使用左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊、磷霉素氨丁三醇散等抗菌药物治疗，同时需多饮水促进细菌排出。
3、尿道炎
淋菌性尿道炎由淋球菌感染引起，表现为尿道口流脓、灼痛；非淋菌性尿道炎多由衣原体或支原体感染导致，分泌物较少。需通过分泌物涂片或核酸检测明确病原体，常用阿奇霉素片、盐酸多西环素片等药物治疗，性伴侣需同步治疗以防交叉感染。
4、尿道结石
尿道内存在结石时，排尿过程中结石摩擦尿道壁可引起剧烈刺痛，可能伴随排尿中断、血尿等症状。确诊需依靠超声或CT检查，较小结石可通过多饮水、口服坦索罗辛胶囊促进排出，较大结石需行体外冲击波碎石术或经尿道取石术。
若调整饮水习惯后症状未缓解，或出现发热、血尿等情况，应及时到泌尿外科就诊，完善尿常规、泌尿系超声等检查。治疗期间需避免辛辣饮食，禁止性生活，严格遵医嘱完成疗程以防复发或转为慢性炎症。