生殖器疱疹合并感染时，通常需要根据病原体类型选择抗病毒治疗、抗生素治疗、局部护理、增强免疫以及并发症处理等方法，具体方案需由医生评估后制定。
1、抗病毒治疗
生殖器疱疹由单纯疱疹病毒引起，合并感染时仍需以抗病毒药物为主。常用药物包括阿昔洛韦片、泛昔洛韦胶囊等核苷类似物，能抑制病毒DNA复制，缩短病程并降低传染性。对于频繁复发者，可采用长期抑制疗法。
2、抗生素治疗
若合并细菌感染出现脓性分泌物、红肿加重时，需根据药敏结果选用敏感抗生素。常见如头孢克肟片治疗革兰阴性菌，阿奇霉素分散片针对非淋菌性尿道炎，克林霉素适用于厌氧菌感染，需遵医嘱足疗程使用。
3、局部护理
保持患处清洁干燥，每日用生理盐水清洗后，可外用硼酸洗液湿敷。出现继发感染时可涂抹莫匹罗星软膏预防细菌定植，疱疹破损处可以使用重组人干扰素α2b凝胶促进愈合，避免搔抓导致感染扩散。
4、增强免疫
保证每日蛋白质摄入量不低于60g，适当补充维生素C和锌元素。规律进行有氧运动如快走、游泳等，每周累计150分钟以上。对于每年复发超过6次者，可遵医嘱使用胸腺肽肠溶片等免疫调节剂。
5、并发症处理
合并脑膜炎需进行腰椎穿刺术及脑脊液检测，使用更昔洛韦注射液静脉给药。出现盆腔炎时需联合甲硝唑片抗厌氧菌治疗，形成深部脓肿则需外科切开引流，同时进行疼痛管理和心理疏导。
治疗期间应避免性接触直至皮损完全愈合，贴身衣物需每日高温消毒。合并HIV感染等免疫缺陷病患者需调整治疗方案，定期监测肝肾功能。若出现高热不退、意识障碍或剧烈头痛等重症表现，应立即急诊处理。所有药物均需在皮肤科或感染科医师指导下规范使用，不得自行增减药量或中断治疗。