冷冻海参在正确加工和保存的情况下，通常不会导致大部分营养流失，但部分水溶性维生素可能有一定损失。其营养价值主要取决于冷冻工艺、储存条件及解冻方式等因素。
冷冻海参主要通过低温抑制微生物活动，使蛋白质、多糖等大分子物质得以保留。工业化速冻技术能在短时间内形成细小冰晶，减少细胞结构破坏，因此胶原蛋白、海参皂苷等核心营养成分保存率可达90%以上。家庭冷冻若未进行预处理，在缓慢冻结过程中形成的较大冰晶可能导致约5-10%的水溶性营养素流失。储存时间超过6个月时，脂肪氧化可能造成部分不饱和脂肪酸损失，建议在-18℃环境下保存不超过12个月。
解冻方式直接影响营养保留，推荐冷藏室缓慢解冻。避免流水解冻或反复冻融，这些操作可能使水溶性维生素B族损失增加15-20%。特殊人群如术后恢复者需注意，虽然蛋白质含量保持稳定，但维生素C等热敏性营养素在加工环节已有损耗，建议通过新鲜果蔬补充。