经阴道B超检查通常不会引起明显疼痛，多数患者在检查过程中仅会感到轻微不适。检查使用的探头直径较小，且医生会涂抹耦合剂以减轻摩擦，操作手法也会尽量轻柔，因此一般不会造成疼痛感。
检查时的不适感可能与患者紧张、肌肉紧绷有关。部分女性因心理压力导致阴道肌肉收缩，可能增加操作阻力，此时可能出现短暂胀感。此外，若存在严重的阴道炎症、子宫内膜异位症或盆腔粘连等病理情况，探头接触病变区域可能诱发疼痛，但这类情况较为少见。检查后少量淡粉色分泌物属于正常现象，通常1-2天内可自行消失。
建议检查前排空膀胱，穿着宽松衣物。检查过程中可通过深呼吸放松身体，与操作医生保持沟通。若既往有妇科手术史、严重痛经或已知妇科疾病，应提前告知医生。检查后出现持续出血、剧烈腹痛等情况需及时就诊。