紧急避孕药通常不会对生育能力造成长期影响。正确使用的情况下，其作用机制主要为暂时抑制排卵或干扰受精过程，不会持续影响卵巢功能或子宫内膜的正常生理状态。但需注意避免频繁使用，以免引发月经紊乱。
紧急避孕药的主要成分如左炔诺孕酮属于高效孕激素，单次给药后会在48小时内被人体代谢排出。其作用具有时效性，不会破坏生殖系统的正常功能。部分女性用药后可能出现月经周期提前或延后，这属于药物引起的暂时性激素水平波动，1-2个月经周期后多可自行恢复。对于存在多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症等基础疾病的女性，用药前建议咨询医生。
建议每年使用紧急避孕药不超过3次，每月不超过1次。若用药后出现持续月经异常超过3个月，或备孕半年未成功受孕，应及时到妇科就诊检查。有生育需求的女性更应重视常规避孕措施，减少紧急避孕药的使用频率。