芥菜根部发黄是否可以继续食用需要根据具体情况判断。若为生理性氧化且未出现变质现象，一般可以食用；若已发生变质则不建议食用，以免引发身体不适。
芥菜根部发黄可能是由于其内部多酚类物质接触空气后发生酶促褐变，这种情况下颜色变化属于自然现象。若根部仅有轻微发黄，质地脆硬且无腐烂、异味，通常去除发黄部分后仍可食用。但如果根部出现明显变软、黏液分泌或散发酸臭味，则提示可能因存放过久或细菌滋生导致腐败变质，此时继续食用可能引起腹痛、腹泻等消化道症状。
建议在食用前仔细检查芥菜根部状态，可通过触摸和嗅闻进行初步判断。储存时应注意保持干燥通风，避免高温高湿环境加速变质。若发现根部发黄伴随异常性状，应及时丢弃处理以确保食品安全。