黄连一般不建议长期服用。虽然其具有清热燥湿、泻火解毒的功效，但药性苦寒，长期使用可能损伤脾胃阳气，具体用药时长需遵医嘱调整。
黄连含有小檗碱等生物碱成分，短期用于湿热泻痢、黄疸、高热神昏等实热证时，可发挥抗菌、抗炎作用。例如治疗细菌性痢疾时，通常连续用药不超过7天即可缓解症状。若患者脾胃虚寒，服用3-5天便可能出现腹痛、腹泻等不良反应，此时需立即停药。临床治疗消渴症等慢性病时，中医会配伍党参、白术等健脾药物。
建议服用黄连期间定期进行肝肾功能检查，出现食欲减退、大便溏稀等症状时应及时复诊。避免将黄连泡水代茶饮超过1周，儿童、孕妇及老年人更需严格控制用药周期。若需长期调理，可在中医师指导下采用间歇给药法，如服药2周后停用1周，并配合饮食调养。