右佐匹克隆与佐匹克隆的主要区别在于化学结构、活性成分及药物作用特点。这两种药物均属于非苯二氮䓬类镇静催眠药，但存在以下差异：
从化学结构来看，佐匹克隆是外消旋混合物，包含左旋体和右旋体两种异构体，而右佐匹克隆仅含有右旋体成分。这种结构差异导致两者的药理活性不同，右佐匹克隆对γ-氨基丁酸受体的亲和力更强，因此起效更快，所需剂量更低。
在代谢方面，两者均通过肝脏细胞色素P450酶代谢，但右佐匹克隆的代谢产物活性较低，发生宿醉效应和日间残留镇静的风险更小。临床研究显示，右佐匹克隆次日认知功能损害发生率较佐匹克隆降低约30%。
适应症方面，两者虽都用于失眠治疗，但右佐匹克隆对入睡困难型失眠的针对性更强。特殊人群使用时，肝功能不全者使用右佐匹克隆需更谨慎调整剂量，因其对肝脏代谢酶的依赖性更高。药物相互作用方面，右佐匹克隆与CYP3A4抑制剂的相互作用更显著，合并用药时需特别注意。
患者应在医生指导下选择药物，严格遵循处方剂量。用药期间需避免饮酒，注意观察是否出现头晕、味觉异常等反应。长期使用这两种药物均可能产生依赖性，因此建议短期、间歇性用药，并定期评估治疗效果。