茱萸的药用部位根据种类不同有所区别，常见的山茱萸和吴茱萸分别以果肉和果实入药。山茱萸的药用部位是成熟果肉，而吴茱萸则采用接近成熟的果实。
1、山茱萸果肉
山茱萸的成熟果肉经酒蒸或醋蒸炮制后称为山萸肉，具有补益肝肾的功效。其含有的山茱萸苷、熊果酸等成分可调节免疫功能，在中医常用于改善腰膝酸软、遗精盗汗等肝肾亏虚症状。六味地黄丸、金匮肾气丸等经典方剂均将其作为君药使用。
2、吴茱萸果实
吴茱萸的未成熟果实经甘草汁炮制后入药，具有散寒止痛的作用。现代研究显示其含有的吴茱萸碱、吴茱萸次碱等生物碱成分，对胃肠道平滑肌有调节作用。左金丸、吴茱萸汤等方剂利用其温中降逆特性治疗脘腹冷痛、呕吐吞酸等症。临床使用时需注意生品有小毒，需规范炮制后使用。
茱萸类药材需在中医师指导下辨证使用，不同品种的茱萸功效差异较大。山茱萸多用于补益，吴茱萸偏于温散，实际应用时需严格区分基原植物。贮藏时应置于阴凉干燥处，防止有效成分挥发或霉变。