清醒梦通常不会对正常睡眠周期造成明显负面影响。大多数情况下，清醒梦属于睡眠周期中的正常生理现象，但需注意特殊情况的出现。
清醒梦主要发生在快速眼动睡眠期，这一阶段本身是正常睡眠周期的重要组成部分。人在此阶段脑电波活跃程度与清醒时接近，此时出现的梦境体验具有自我意识并不会改变睡眠阶段的自然交替。偶尔出现清醒梦属于正常现象，部分研究表明适度的清醒梦甚至可能提升创造性思维和情绪调节能力。
若频繁刻意诱导清醒梦，可能因过度关注梦境控制而导致入睡困难或睡眠中断。例如使用感官再激活记忆法等方法时，若操作不当可能干扰入睡过程。此外，长期处于高度紧张的精神状态可能增加清醒梦发生频率，继而影响日间精神状态。这种情况需要与发作性睡病等睡眠障碍进行鉴别。
保持规律的作息时间和良好的睡眠卫生习惯是维持正常睡眠周期的关键。建议避免在睡前过度刺激大脑活动，如减少电子设备使用、控制咖啡因摄入等。若清醒梦伴随日间嗜睡、注意力下降等异常表现，建议前往睡眠专科门诊进行多导睡眠监测评估。