长期使用黄体酮可能引起内分泌紊乱、血栓风险增加、肝功能异常等副作用。药物在体内蓄积可能对多系统产生影响，需严格遵循医嘱。
1、内分泌紊乱
长期使用黄体酮可能抑制下丘脑-垂体-卵巢轴功能，导致体内激素水平失衡。女性可能出现月经周期紊乱、经量减少甚至闭经，部分患者还会伴随乳房胀痛、子宫内膜异常增厚等情况。男性长期使用可能引发性欲减退、精子生成减少等生殖系统问题。
2、血栓风险增加
黄体酮具有轻度水钠潴留作用，可能影响凝血功能。长期使用可能升高血液粘稠度，增加下肢深静脉血栓、肺栓塞等风险，尤其对于高龄、肥胖或存在血栓病史的患者更为显著。临床表现为下肢肿胀、胸痛、呼吸困难等症状。
3、肝功能异常
作为主要在肝脏代谢的药物，长期使用可能加重肝脏负担。部分患者会出现转氨酶升高、胆汁淤积等肝功能指标异常，严重时可出现黄疸、食欲减退等临床表现。原有肝病患者更易发生药物性肝损伤。
使用黄体酮治疗期间应定期监测激素水平、凝血功能及肝功能指标。若出现头痛、视力异常、皮肤黄染等严重症状，应立即停药并就诊。用药期间需避免自行调整剂量，治疗结束后需遵医嘱逐步减量以防止撤药反应。