柏子仁长期服用可能存在一定的副作用，但具体是否发生通常因人而异。该药物性质平和且临床应用较广，多数人在合理剂量下使用耐受性较好，但仍需警惕潜在的不良反应风险。
柏子仁作为安神类中药，含有挥发油及脂肪油成分。部分敏感体质人群可能出现消化道刺激症状，如腹部隐痛、大便次数增多等，这与其中润滑肠道的油脂类物质相关。对柏子过敏者可能出现皮肤红斑、丘疹等免疫反应，临床案例中偶见接触性皮炎报道。长期大剂量使用可能影响脂类代谢，特别是已有高脂血症基础的患者需注意监测。与中枢神经抑制剂联用时，存在增强镇静效果的潜在风险。
建议在中医师指导下规范使用柏子仁，连续用药不宜超过三个月。用药期间出现任何不适症状应及时停用，并记录具体反应情况。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女及肝肾功能不全者，使用前需经专业评估。定期进行肝功能、血脂水平检测有助于早期发现代谢异常，确保用药安全性。