疟疾治愈后通常不会留下后遗症，但若病情严重或治疗不及时，可能对部分器官功能造成影响。多数患者在规范治疗后能够完全康复，无需过度担忧。
疟疾是由疟原虫感染引起的传染性疾病，经规范抗疟治疗后，患者体内的疟原虫可被彻底清除。普通疟疾患者及时接受氯喹、青蒿琥酯、双氢青蒿素等药物治疗后，一般不会遗留长期器官损害或功能障碍。但重症疟疾如脑型疟疾可能因高热、微血管阻塞等病理过程导致脑组织缺氧，进而引发癫痫、认知功能下降等神经系统后遗症，此类情况多见于儿童或免疫力低下人群。
反复感染疟疾可能导致溶血性贫血，表现为乏力、面色苍白等症状，但经规范治疗和营养支持后通常可逐渐恢复。此外，疟疾发作期间可能出现脾脏充血肿大，随着病情好转，脾脏体积多能回缩至正常范围，极少数患者可能因脾功能亢进需进一步处理。
疟疾治愈后应定期复查血常规、肝肾功能等指标，关注身体状况。若曾患重症疟疾或治疗期间出现并发症，需遵医嘱进行康复训练或对症治疗，最大限度减少后遗症的影响。日常需注意防蚊措施，避免再次感染。