芦荟灌肠治疗便秘缺乏足够的科学依据支持，且存在一定风险，一般不建议自行操作。其效果和安全性尚未得到临床研究的充分验证，盲目使用可能引发健康问题。
芦荟虽然含有蒽醌类化合物等具有通便作用的成分，但直接用于灌肠可能对肠道黏膜造成刺激。蒽醌类物质长期使用易导致肠道蠕动功能减退，反而加重便秘症状，甚至引发结肠黑变病。灌肠操作本身需要严格的无菌条件和专业手法，非专业人员操作容易损伤直肠黏膜或导致肠道菌群失衡。家庭环境难以达到医疗级别的消毒标准，可能增加感染风险，尤其是老年人群或免疫力低下者。
便秘患者建议通过饮食调整增加膳食纤维摄入，如燕麦、火龙果等，配合规律运动促进肠道蠕动。若症状持续，可遵医嘱使用乳果糖口服溶液、聚乙二醇4000散或开塞露等安全性较高的通便药物。日常需保持每日1500-2000ml饮水量，养成定时排便习惯。若长期便秘伴有腹痛、便血等症状，应及时就诊消化科排查器质性病变。