灵芝孢子粉作为保健品，一般长期适量服用安全性较高，但部分人群可能出现不良反应。其副作用发生概率较低，通常与个体差异或服用方式不当有关。
灵芝孢子粉含有的多糖和三萜类成分可能刺激胃肠黏膜，敏感人群可能出现腹胀、腹泻等消化道症状。部分患者可能对孢子粉中的蛋白质成分产生免疫反应，出现皮肤瘙痒、红斑等过敏表现。需要特别注意的是，灵芝孢子粉可能增强抗凝血药物作用，与华法林、阿司匹林等药物联用时需监测凝血功能。
服用期间建议定期评估身体反应，出现不适应暂停使用。肝肾功能异常患者、围手术期人群及孕产妇等特殊群体使用前应咨询医师。日常储存需注意防潮防霉变，开封后建议三个月内服用完毕。