连翘与金银花在植物来源、药用部位、性味归经、功效应用等方面存在区别，具体用药需遵医嘱。
连翘为木犀科植物连翘的干燥果实，性味苦、微寒，归肺、心、小肠经，具有清热解毒、消肿散结、疏散风热的功效，临床多用于痈疽疮毒、瘰疬痰核等热毒壅结证。其成分含连翘苷、连翘酯苷等，现代研究表明有抗炎、抗菌作用。
金银花为忍冬科植物忍冬的干燥花蕾，性味甘、寒，归肺、心、胃经，功效以清热解毒、疏散风热为主，适用于外感风热或温病初起，症见发热头痛、咽喉肿痛。金银花所含绿原酸、异绿原酸等成分对多种病原微生物有抑制作用。
二者虽均属清热解毒药，但连翘长于消痈散结，被称为“疮家圣药”，而金银花疏散表邪效果更显著。临床配伍应用时常相须为用，如银翘散中两者协同增强疗效。需注意的是脾胃虚寒者慎用，且不宜与温热类药物同用。