细菌性痢疾或阿米巴痢疾在及时规范治疗后，通常不会遗留后遗症。但若治疗不及时或感染较重，可能继发肠穿孔、肝脓肿等并发症。
细菌性痢疾经规范抗菌治疗，如使用左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊、诺氟沙星胶囊等药物后，病原体可被彻底清除，肠道黏膜修复良好。但重症患者可能出现中毒性休克，若未及时纠正可能影响多器官功能。阿米巴痢疾使用甲硝唑片、替硝唑片、二氯尼特片等药物后，多数患者可痊愈。但若未彻底杀灭包裹型阿米巴原虫，可能转为慢性感染，出现周期性腹泻。
感染性腹泻治愈后需注意饮食卫生，避免生冷食物。若出现反复腹痛、血便等症状，应及时进行粪便常规、肠镜等检查。哺乳期妇女及儿童用药需严格遵循剂量要求，避免药物副作用。