决明子作为一味常见中药材，具有清肝明目、润肠通便等功效，合理使用通常不会产生明显副作用。但若长期过量服用或体质特殊者使用，可能出现不良反应。
决明子含有大黄酚等蒽醌类物质，可刺激肠道蠕动改善便秘，但长期服用可能导致肠道依赖性和电解质紊乱。其性微寒的特性可能引发脾胃虚寒者出现腹痛、腹泻等不适，部分敏感人群还可能产生恶心、腹胀等消化道反应。动物实验显示高剂量决明子提取物可能影响肝功能，但临床尚缺乏明确证据。
建议每日用量控制在9-15克，连续服用不超过2周。正在服用抗凝药物或存在低血压者慎用，孕妇、经期女性及慢性腹泻患者应避免使用。出现不适症状应立即停用并就医，使用前建议经中医师辨证指导。