聚乙二醇一般不会显著破坏肠道菌群平衡，但长期使用可能因肠道环境改变而对菌群产生间接影响。其作为渗透性泻药，主要作用于物理性通便，通常短期使用安全性较高。
聚乙二醇通过增加肠道内水分软化大便，促进排便，其成分不被肠道吸收，也不直接参与菌群代谢。研究表明，短期使用聚乙二醇治疗便秘时，肠道菌群的多样性和丰度未发生显著变化。但在长期频繁使用的情况下，可能因肠道渗透压持续改变、排便规律异常等因素，导致部分菌群适应性改变，这种情况多与个体差异及用药不规范有关。
使用聚乙二醇应严格遵循医嘱，避免自行长期连续用药。若需改善便秘，可配合增加膳食纤维摄入、规律运动等生活方式调整。若出现腹胀、腹泻等持续不适，建议及时就医评估肠道功能状态。