精子畸形率高是否能自然受孕需要结合具体数值和其他精液参数综合判断。一般情况下，如果精子畸形率未超过96%，且精液浓度、活力等指标正常，仍有自然受孕的可能。
精子畸形率的具体数值是重要判断依据。世界卫生组织标准将精子畸形率超过96%定义为畸形精子症，此时可能影响精子穿透卵子能力。但即使达到此标准，若存在少量形态正常且具备良好活力的精子，仍有机会自然受孕。其他精液参数如精子浓度需达到每毫升1500万以上，前向运动精子比例应超过32%。若同时存在少精症或弱精症，自然受孕概率会显著降低。女性伴侣的生育能力也影响最终结果，包括卵巢功能、输卵管通畅度等因素。
建议进行2-3次精液复查以确保结果准确性，间隔时间为2-7周。日常应避免高温环境、戒烟限酒、保证营养均衡。若连续复查均提示异常，可考虑人工授精或试管婴儿等辅助生殖技术。具体治疗方案需由生殖医学科医生根据双方全面检查结果制定。