花蛤死亡后一般不建议继续食用，尤其是死亡超过2小时或在室温下存放的情况下。其肉质容易腐败变质，并可能滋生致病菌，食用后可能引发腹泻、腹痛等不适症状。
死亡后的花蛤会迅速滋生细菌，如副溶血性弧菌等，这些细菌在繁殖过程中可能产生耐热性毒素，即使高温烹饪也难以完全消除。若花蛤在死亡后长时间处于20-30℃环境中，细菌繁殖速度可加快3-4倍，通常2小时左右就会达到危险水平。
新鲜花蛤建议现买现烹，选购时需注意外壳紧闭或轻触后迅速闭合的活体。若需短期保存，可将其浸泡在盐度为1.5%-3%的盐水中，置于4℃冷藏环境，但不宜超过12小时。已死亡的花蛤会出现壳口张开无法闭合、肉质松弛变色、散发腥臭味等特征，这类个体应立即丢弃。
烹饪前需用毛刷清洁外壳缝隙，建议用50℃左右淡盐水浸泡1小时促进吐沙。若食用后出现恶心、呕吐等症状，应及时补充电解质，必要时就医进行抗感染治疗。贝类过敏体质者及胃肠功能较弱人群应谨慎食用。