呼吸道合胞病毒核酸检测的准确率通常较高，一般可达90%以上。但检测结果可能受样本采集质量、检测时间以及检测方法等因素影响，存在一定误差。
进行呼吸道合胞病毒核酸检测时，鼻咽拭子或痰液样本的采集质量直接影响检测结果的可靠性。若样本未采集到足够的上皮细胞或病毒载量过低，可能出现假阴性结果。此外，在感染初期或恢复期进行检测，病毒释放量较少也可能影响检出率。不同试剂盒的敏感性和特异性存在差异，部分检测方法可能对病毒亚型的分辨能力有限。
若检测结果为阴性但存在持续咳嗽、发热等临床症状，建议在医生指导下结合血常规、胸部影像学等检查综合判断。必要时可在发病后3-5天复查核酸检测，以提高检出准确性。确诊患者应做好呼吸道隔离措施，避免交叉感染。