黑咖啡可能对部分矿物质的吸收存在一定干扰，但具体影响因人而异。适量饮用通常不会造成显著问题，但特殊人群需注意调整摄入方式。
黑咖啡中的多酚类物质可能与铁元素结合，降低非血红素铁的吸收率，尤其是植物性食物中的铁。建议食用高铁食物后间隔1-2小时再饮用咖啡。咖啡因可能促进钙通过尿液排泄，长期过量饮用可能影响钙平衡，建议每日咖啡因摄入量控制在400mg以内。对于锌、镁等矿物质，目前研究显示干扰作用较弱，但仍建议保持均衡饮食以确保营养充足。
日常饮用时可搭配富含维生素C的食物，有助于促进铁的吸收。孕妇、贫血患者及骨质疏松高风险人群，建议在医生指导下调整咖啡摄入量。注意避免空腹饮用咖啡，同时保证奶制品、豆制品等富钙食物的规律摄入。