黑枸杞长期适量食用一般没有明显副作用，但过量或不当食用可能引起不适。其成分复杂，部分人群可能存在个体差异，需根据自身情况调整摄入量。
黑枸杞含有甜菜碱、多糖等活性成分，正常剂量下具有抗氧化作用。但每日摄入量超过20克可能刺激消化道黏膜，引发腹胀、腹泻等症状。对枸杞过敏者可能出现皮肤瘙痒、红斑等反应，临床统计显示过敏发生率约为0.3%-0.7%。糖尿病患者长期大量食用需注意，每100克黑枸杞含碳水化合物约64克，可能影响血糖控制。
服用抗凝药物者需咨询医师，因黑枸杞中的水溶性色素可能影响凝血功能。出现不适症状应立即停用，特殊体质人群建议在中医师指导下辨证使用。