肠道菌群失调可能会加重便秘。正常情况下，肠道菌群通过代谢产物、酸碱平衡等机制参与肠道功能调节，其紊乱可能影响肠道蠕动和排便。
当肠道菌群失调时，益生菌数量减少可能影响短链脂肪酸的生成。短链脂肪酸是肠道上皮细胞的重要能量来源，其不足可能导致肠黏膜屏障功能下降，肠道平滑肌收缩力减弱。同时，部分菌群代谢产生的气体物质减少，肠道内推动粪便移动的物理刺激随之减弱。
产酸菌群数量下降会导致肠道pH值升高，这种环境改变可能影响肠道对水分的吸收和分泌平衡。碱性环境可能使粪便在肠道内滞留时间延长，水分被过度吸收导致粪便干结。此外，特定菌群如双歧杆菌的减少可能降低黏液层厚度，减弱对肠道的润滑作用。
若存在机会致病菌过度增殖，其产生的内毒素可能引发局部炎症反应。炎性因子如白介素-6可能通过神经免疫调节途径干扰肠道神经丛功能，影响肠蠕动的节律性和协调性。长期慢性炎症还可能造成肠道组织纤维化，进一步加重排便困难。
建议通过摄入膳食纤维、发酵食品等调节菌群平衡，必要时可在医生指导下使用益生菌制剂。若调整饮食后便秘仍持续加重，应及时就医进行粪便菌群检测和针对性治疗。