菖蒲被列为有毒植物主要与其含有β-细辛醚、草酸钙针晶等毒性成分有关，过量摄入可能引发中毒反应，需避免误食。
菖蒲的毒性主要来源于其根茎部位所含的β-细辛醚等挥发性成分。研究表明，β-细辛醚具有神经毒性和潜在致癌性，长期接触可能损伤肝肾功能。其毒性作用机制是通过干扰细胞膜通透性和抑制线粒体能量代谢，导致细胞死亡。
菖蒲叶片及根茎表面分布的草酸钙针晶是另一危险因素。这些针状晶体会机械性刺激口腔、咽喉等黏膜组织，引发灼痛感、红肿及吞咽困难。动物实验显示，大量摄入菖蒲可诱发实验鼠胃肠道出血和痉挛。
虽然菖蒲在传统医学中有开窍化痰的药用记载，但现行《中国药典》已不再收录该药材。临床报道显示，误将菖蒲当食材使用后，可能出现恶心呕吐、腹痛腹泻等急性中毒症状，严重者可发生心律不齐或呼吸抑制。
接触菖蒲植株时应佩戴手套避免汁液沾染，家长需注意防止儿童误食其鲜艳的佛焰苞花序。若出现中毒症状，应立即催吐并携带植株样本就医，便于医生准确判断毒性成分。