山茱萸在中医理论中主要具有补益肝肾、收敛固脱的作用，其功效更侧重于补肾气而非单纯补肾阴或肾阳。它常用于治疗肾气不足引起的相关症状，需结合具体病情配伍其他药物调节阴阳。
山茱萸药性微温，味酸、涩，归肝、肾经。其补益作用主要体现在固摄肾气方面，适用于肾气亏虚导致的腰膝酸软、遗精滑精、夜尿频多等症状。肾气是肾阴与肾阳的共同基础，山茱萸通过固摄肾气可间接调节阴阳平衡，但并非直接补充单一阴阳。
在临床应用中，需根据患者体质配伍使用。肾阴虚者常与熟地黄、枸杞子等滋阴药物同用；肾阳虚者多配合肉桂、附子等温阳药材。山茱萸的收敛特性对遗精、盗汗等肾气不固症状有较好疗效，但对阴阳两虚的重症仍需综合调理。
使用山茱萸前建议经中医师辨证，避免单独长期使用。日常可遵医嘱将其与杜仲、菟丝子等配伍，制成汤剂或丸散服用。储存时应置于阴凉干燥处，注意定期观察用药后身体反应，出现不适及时调整用药方案。