蒙脱石散一般有副作用，但通常较轻微且发生率较低。其副作用主要包括便秘、影响营养吸收、过敏反应以及与其他药物的相互作用等。用药时应严格遵医嘱，避免自行调整剂量或长期使用。
蒙脱石散的主要成分为天然矿物蒙脱石微粒，其吸附作用可能导致肠道蠕动减缓，部分患者可能出现排便困难或大便干结。对于本身存在便秘倾向的人群，该药物可能加重症状。长期使用可能干扰肠道对维生素、矿物质等营养物质的吸收，尤其是脂溶性维生素和铁、锌等微量元素，建议连续用药不超过3天。
少数患者可能对蒙脱石散中的成分产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红斑或呼吸急促等症状。若出现此类情况需立即停药并就医。该药物与其他口服药的服用间隔需保持2小时以上，因其强大的吸附作用可能降低抗生素、口服补液盐等药物的生物利用度。
用药期间应注意观察排便性状变化，腹泻停止后应及时停药。婴幼儿使用时应严格按体重计算剂量，避免过度使用导致肠道功能紊乱。若用药3天后症状未缓解，或出现严重腹痛、血便等异常情况，需及时前往消化内科就诊排查其他病因。