通常与检查方式及个人耐受度有关。普通肠镜可能出现腹胀或牵拉感，而无痛肠镜在麻醉状态下进行，一般无明显疼痛。
普通肠镜在检查时，由于肠镜通过肠道弯曲处可能对肠壁造成牵拉，部分患者会出现腹胀或短暂隐痛，尤其是肠道结构异常或耐受性较差的人群。但多数患者通过深呼吸配合医生操作，不适感可缓解。无痛肠镜通过静脉注射麻醉药物使患者进入睡眠状态，检查过程中无意识且无痛感，仅需约15-30分钟即可完成，术后可能出现轻微乏力或头晕，通常在休息后消失。
检查前需严格遵医嘱进行肠道准备，例如提前禁食、服用清肠药物等，以确保肠道清洁度。检查后若选择无痛肠镜，建议24小时内避免驾驶或高空作业。对于敏感体质或合并基础疾病者，需提前告知医生评估麻醉风险。无论选择何种方式，均建议由家属陪同，并在专业医疗机构完成检查。