通常因人而异，但多数情况下不适感在可承受范围内。检查时可能会有腹胀、牵拉感或轻微疼痛，部分敏感人群可能出现较强的不适，不过随着无痛肠镜的普及，这种状况已得到有效改善。
检查前肠道准备是否充分直接影响操作难度。肠道清洁度较高时，医生能更清晰地观察肠壁，减少反复充气带来的腹胀感。检查过程中肠镜通过肠道弯曲部位时，可能引发短暂痉挛性疼痛，但操作医生会通过调整进镜角度和注气量来缓解不适。对于耐受度较低的患者，静脉麻醉的无痛肠镜可完全消除检查中的知觉，术后苏醒后无明显记忆。
建议检查前与医生充分沟通自身耐受情况，选择普通或无痛检查方式。检查过程中可通过深呼吸放松腹肌，配合医生指令调整体位。若出现持续剧烈疼痛应立即示意操作医师，必要时可终止检查。术后适当活动促进排气，通常24小时内肠道功能可恢复正常。