肠镜检查在操作过程中可能会引起一定不适，但通常不会出现剧烈疼痛。多数患者在普通肠镜检查中会有腹胀或牵拉感，而无痛肠镜因使用麻醉则基本无痛感。具体感受与个体差异、操作方式等因素有关。
肠镜引起明显疼痛的情况较少见，主要与三类因素相关。第一是检查方式差异，无痛肠镜通过静脉麻醉使患者在睡眠状态下完成检查，全程无感知；普通肠镜在肠腔充气或通过肠道弯曲处时，可能产生短暂胀痛，但多数可耐受。第二是患者自身因素，存在肠粘连、肠扭转或对疼痛极度敏感的人群，可能出现较强烈的不适感。第三是操作因素，若检查时肠镜反复摩擦黏膜或牵拉肠系膜，可能引发疼痛，但经验丰富的医生会通过手法调整减轻刺激。
检查前充分与医生沟通肠道疾病史，选择适合的检查方式。进行普通肠镜时保持放松，通过深呼吸缓解紧张情绪。检查过程中若出现持续剧烈疼痛，应立即告知医生终止操作。术后适当休息，避免立即进食刺激性食物，通常1-2天肠道不适感可自行消失。