通常与检查方式及个人耐受度有关。多数情况下，普通肠镜可能会引起腹胀或牵拉感，但疼痛程度一般可耐受；而无痛肠镜在麻醉状态下进行，通常无明显不适。
普通肠镜检查时，镜身通过肠道弯曲部位可能因牵拉肠壁产生短暂胀痛或压迫感，尤其在乙状结肠和回盲部等解剖结构复杂区域。但医生会通过注气、调整体位等操作尽量减轻不适感。部分敏感人群或肠道粘连患者可能出现较明显的疼痛，但发生率相对较低。无痛肠镜通过静脉注射麻醉药物使受检者处于睡眠状态，检查过程中无意识且无痛感，适合对疼痛敏感或心理紧张者。
肠镜检查前遵医嘱做好肠道准备可减少操作时间及不适风险。检查过程中出现持续剧烈疼痛应及时告知医生，必要时调整方案。若对疼痛耐受度较低或存在焦虑情绪，建议提前与医生沟通选择无痛检查方式，既能保障检查顺利完成，也有助于早期发现肠道病变。