通常与检查方式和个人耐受度有关。普通肠镜检查可能会有一定不适感，但多数患者可以耐受；而无痛肠镜因使用麻醉药物，通常不会感到疼痛。
普通肠镜检查时，内镜通过肠道弯曲部位可能引起牵拉感或胀痛，尤其是肠道存在粘连或角度较大的患者。但医生会通过注气、调整镜身角度等方式减轻刺激，且疼痛程度通常为轻度到中度。对于耐受较差的患者，可能因肠道痉挛产生短暂锐痛，但持续时间较短。
无痛肠镜在静脉麻醉下进行，患者处于睡眠状态，检查过程中无意识且无痛感。麻醉药物起效快、代谢迅速，检查结束后约5-10分钟即可恢复清醒。这种方式特别适合对疼痛敏感、有恐惧心理或需要精细观察病灶的患者。
检查后可能出现短暂腹胀或隐痛，这与检查时注气及肠道受刺激有关，通常排气或休息后自行缓解。建议检查前与医生充分沟通自身情况，对疼痛阈值较低或既往有腹部手术史者，可优先选择无痛肠镜。检查过程中如出现持续剧烈疼痛，需立即告知操作医生排查并发症。