通常与检查方式有关。普通肠镜可能会因充气牵拉肠管出现轻微不适或疼痛，无痛肠镜在麻醉状态下一般不会产生疼痛感。
普通肠镜需要将带有摄像头的软管经肛门插入肠道，检查时需注入气体使肠腔扩张以便观察。充气过程可能引发腹胀或牵拉痛，尤其在肠管弯曲部位，部分敏感人群可能出现较明显的疼痛。无痛肠镜通过静脉注射丙泊酚等麻醉药物，使受检者在睡眠状态下完成检查，可有效避免检查过程中的不适感。但麻醉存在呼吸抑制、血压下降等风险，需专业麻醉师监护。
肠镜检查前建议与医生充分沟通，根据自身耐受度、心肺功能等情况选择合适方式。检查后出现持续腹痛、便血等异常情况需及时就医。