冲牙器无法完全替代传统牙线清洁，但两者可以结合使用以达到更全面的口腔清洁效果。冲牙器通过水流冲击辅助清除牙缝食物残渣，而传统牙线则能更去除牙菌斑。
冲牙器主要通过高压水流清洁牙龈沟和较大牙缝中的食物残渣，尤其适合佩戴固定矫治器或牙间隙较大的人群。但其水流冲击力对紧贴牙面的菌斑清除效果有限，无法像牙线那样通过物理摩擦直接刮除牙菌斑。传统牙线通过线体与牙齿表面的机械摩擦，可有效清除邻面牙菌斑，预防龋齿和牙周炎的发生。
对于口腔健康状况良好的人群，建议每日使用牙线后再用冲牙器加强清洁。正畸患者可先用冲牙器冲洗托槽周围，再用牙线清理弓丝下方区域。牙缝紧密者应以牙线清洁为主，冲牙器作为辅助工具。日常口腔护理应结合个人牙齿排列特点，在专业牙医指导下选择适合的清洁工具组合。