传染性软疣通过液氮冷冻治疗通常可以有效根除，但少数情况下可能因病毒残留或免疫力低下等因素复发。具体效果需根据病情程度、治疗操作规范性以及个体免疫状态综合判断。
液氮冷冻治疗通过低温破坏疣体组织及病毒活性，多数患者在1-3次治疗后疣体可完全脱落。对于直径小于3毫米、数量较少的皮损，单次治疗清除率可达80%以上。但若疣体位置较深、体积过大或存在多发性病灶时，可能出现治疗不的情况。此外，人乳头瘤病毒潜伏感染未被完全清除、患者存在糖尿病等基础疾病时，也可能导致新疣体再生。
治疗后需保持创面清洁干燥，避免搔抓引发自体接种感染。若发现新发皮损，应及时复诊进行补充治疗。日常应注意个人物品消毒隔离，贴身衣物需高温烫洗，以降低病毒传播风险。