肉苁蓉长期服用可能存在一定的副作用，但遵医嘱规范使用通常较为安全。其不良反应主要与用药剂量、个体体质及药物相互作用有关，需结合具体情况判断。
肉苁蓉作为温补肾阳的中药材，正常剂量短期使用安全性较高。若长期过量服用，其温补特性可能导致口干舌燥、牙龈肿痛等虚火上炎症状，敏感体质者可能出现腹泻、腹痛等消化道不适。与降压药、降糖药联用时存在影响药效的可能性，慢性病患者需特别注意配伍禁忌。
使用肉苁蓉应严格遵循中医辨证论治原则，肾阳虚者适宜使用，而阴虚火旺、实热证等体质人群应禁用。建议在正规医疗机构经中医师脉诊后确定用药周期，常规疗程不超过3个月。服药期间如出现皮疹、心悸等异常反应，应立即停药并就诊。