大三阳目前还没有能够治愈的手段，但通过规范治疗可以有效控制病情进展。患者的治疗目标主要是抑制病毒复制、延缓肝病发展以及降低并发症风险，部分患者可能实现临床治愈。
乙型肝炎病毒进入人体后会在肝细胞内形成共价闭合环状DNA，现有的抗病毒药物难以清除这种病毒。目前常用的抗病毒药物包括恩替卡韦片、富马酸替诺福韦二吡呋酯片、聚乙二醇干扰素α-2b注射液等，这些药物能有效抑制病毒复制。对于转氨酶持续升高或存在明显肝纤维化的患者，及时进行抗病毒治疗可显著降低肝硬化、肝癌的发生概率。
少数患者经过长期规范治疗后可能出现表面抗原转阴，即临床治愈状态。这种情况多见于干扰素治疗患者，但总体发生率不足10%。需要注意的是，即使达到临床治愈，仍需定期监测慢性乙型肝炎标志物和肝功能检查。所有慢性乙型肝炎患者都应避免饮酒，保持规律作息，定期进行肝脏超声检查和甲胎蛋白检查，以早期发现肝脏病变。