阴茎颜色变深通常与疾病无关，多数情况下属于正常的生理现象，但少数可能与病理因素有关。具体需要结合伴随症状、颜色变化的速度等综合判断。
阴茎颜色变深可能是青春期发育过程中激素水平升高刺激黑色素沉积所致，属于正常的生理变化。此外，日常衣物摩擦、局部皮肤角质层增厚也可能导致颜色加深，通常不会伴随疼痛、瘙痒等异常。若存在包皮阴茎头炎等感染性疾病，炎症因子刺激可能引起局部红肿、颜色加深，此时可能伴随分泌物增多或排尿不适。血液循环障碍如静脉回流受阻时，也可能出现颜色加深，但多伴随肿胀、疼痛等症状。
日常应注意保持局部清洁干燥，避免穿紧身衣物或频繁摩擦刺激。若颜色加深的同时出现破溃渗液、排尿异常或短期内颜色快速变化，建议及时到皮肤科或泌尿外科就诊，通过血常规检查、分泌物检测等明确原因。