儿童益生菌在合理使用的情况下通常比较安全，但部分孩子可能出现轻微副作用，需注意用药规范。其副作用与个体差异、菌株类型以及使用方式等因素有关，家长应在医生指导下给孩子服用。
儿童服用益生菌可能引起短暂的胃肠不适，例如腹胀、排气增多或轻度腹泻，这种情况一般会在停药后自行缓解。若孩子本身存在免疫缺陷病或严重肠道疾病，盲目补充益生菌可能造成菌群紊乱，加重腹泻或引发感染。此外，对益生菌辅料成分过敏的儿童可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应，需立即停用。
使用儿童益生菌时需要注意冲调水温不宜超过40℃，避免高温导致活菌失效。不同年龄段应选择对应剂型，2岁以下婴幼儿推荐使用滴剂或粉剂，学龄儿童可选择咀嚼片。服用抗生素期间需间隔2小时以上再补充益生菌，以免影响疗效。储存时应严格按照说明书要求冷藏或避光保存。
若孩子服用益生菌后出现持续腹痛、血便或荨麻疹等情况，应及时就医。益生菌制剂属于微生物活菌制品，不建议与吸附剂类药物同时服用。家长不宜自行给孩子长期服用益生菌，调整肠道菌群应优先通过膳食纤维摄入等自然方式。