番木瓜含有特殊活性酶，其中木瓜蛋白酶是其主要的活性成分。这种酶在食品加工、医药等领域具有广泛应用，适量食用可带来一定益处，但需结合具体情况合理摄入。
木瓜蛋白酶属于蛋白水解酶，能够分解蛋白质中的肽键，使其转化为小分子多肽或氨基酸。这种特性使其在嫩化肉类、啤酒澄清等食品工业中发挥作用。医学上该酶可辅助治疗消化不良，帮助分解食物中的蛋白质成分，减轻胃肠负担。此外，木瓜蛋白酶还具有抗炎特性，局部外用可促进伤口坏死组织分解。
番木瓜中活性酶的含量会受成熟度影响，青木瓜中蛋白酶含量可达2%，随着果实成熟，含量逐渐下降。食用时建议选择表皮微黄、触感稍软的成熟果实，此时酶活性与果实口感达到较佳平衡。需注意对木瓜过敏者可能出现嘴唇肿胀、皮肤瘙痒等过敏反应，此类人群应避免接触。合理摄入新鲜木瓜或经巴氏杀菌的加工制品，既能获取活性酶又保障食用安全性。