非淋菌性尿道炎是否能够自愈需要根据具体情况判断。部分免疫力较强且感染程度较轻的患者可能自行恢复，但多数情况下可能转为慢性感染或引发并发症，建议及时就医治疗。
非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体、解脲支原体等病原体感染引起。当患者免疫功能较强且病原体载量较低时，通过自身免疫系统的清除作用，可能在数周内逐渐消除症状。临床数据显示约30%的轻症感染者存在自愈可能，但这种情况存在较大的个体差异。
若未接受规范治疗，病原体可长期潜伏在泌尿生殖道黏膜中。约60%未治疗患者会出现症状反复发作，尿道刺痛、分泌物增多等症状可能持续数月。部分患者可能继发慢性前列腺炎、附睾炎，女性患者可能引发盆腔炎、输卵管粘连，严重时可能导致不孕或宫外孕。研究显示，未经治疗的感染者传播疾病的风险较治疗者高出3-5倍。
出现尿道刺痒、排尿灼痛或晨起尿道口分泌物等症状时，建议及时进行尿液核酸检测或病原体培养。临床通常采用盐酸多西环素、阿奇霉素等抗生素进行规范治疗，疗程需持续7-14天。治疗期间应避免性接触，保持外阴清洁干燥，同时建议性伴侣接受同步检查治疗。早期规范治疗的有效率可达95%以上，能有效预防疾病慢性化及并发症发生。