蜂蜜柠檬水一般可以在早晨起床后、饭前或饭后、下午疲劳时等时间段饮用，具体效果因人而异。饮用时需根据自身需求及身体状况进行选择，同时注意适量摄入。
早晨起床后饮用蜂蜜柠檬水有助于促进肠胃蠕动，帮助排出宿便，同时补充夜间消耗的水分。但需注意避免空腹饮用过多，以免柠檬酸刺激胃黏膜，尤其是胃酸过多或胃溃疡患者应谨慎。建议先喝温水再饮用，或搭配早餐一同食用。
下午3-4点人体代谢率较高，此时饮用蜂蜜柠檬水可为身体补充能量和维生素C，缓解疲劳感。对于需要提神醒脑的办公人群，蜂蜜的天然糖分能快速补充血糖，而柠檬的清香味道有助于改善精神状态。但需控制蜂蜜用量，避免糖分摄入过量。
运动后适量饮用蜂蜜柠檬水可帮助补充电解质和水分，其中钾元素有助于维持肌肉功能。但若进行高强度运动大量出汗，仍需配合专业运动饮料补充钠元素。睡前1-2小时饮用少量蜂蜜柠檬水（建议5-10ml蜂蜜）可能帮助放松神经，但糖尿病患者及反流性食管炎患者应避免夜间饮用。
日常饮用时建议使用40℃以下温水冲泡，以保留蜂蜜中的活性酶和维生素C。每日柠檬用量控制在1-2片为宜，长期过量摄入可能腐蚀牙釉质。特殊人群如糖尿病患者、消化道疾病患者及孕妇，建议咨询医生或营养师后再决定饮用方式和剂量。