复方金银花颗粒作为中成药，大多数患者遵医嘱规范使用时耐受性良好，但部分人群可能会出现不良反应。其副作用通常与个体差异或用药不当有关，需结合具体情况分析。
复方金银花颗粒可能引起胃肠道不适，例如恶心、腹胀或腹泻等症状。这与其含有的金银花、连翘等成分可能对消化系统产生刺激有关，尤其见于脾胃虚寒或空腹服药的人群。部分患者可能出现过敏反应，如皮肤瘙痒、红斑或呼吸困难等，常见于对药物成分过敏的个体。长期或过量服用时，少数人可能出现肝肾功能指标异常，但这种情况在临床中较为少见。
使用复方金银花颗粒期间若出现不适，建议立即停药观察。用药前应告知医生自身过敏史和基础疾病，避免与其他寒凉性药物同时服用。孕妇、哺乳期妇女及儿童等特殊人群需在医师指导下使用，不可自行增减剂量或延长疗程。