葛花茶长期饮用可能存在一定的副作用，需根据个人体质和饮用量综合考虑。其潜在的不良反应主要包括肠胃不适、低血糖、过敏反应等，建议在医生指导下合理使用。
葛花茶由葛根的花蕾制成，中医认为其具有解酒毒、清热除烦的功效。但长期过量饮用可能刺激胃肠道黏膜，引发腹痛、腹泻等不适症状。对于脾胃虚寒的人群，可能加重四肢不温、大便溏泄等阳虚表现。部分研究显示葛花中含有的葛根素等成分可能增强胰岛素敏感性，长期饮用可能增加低血糖风险，特别是正在服用降糖药物的糖尿病患者需格外注意。
葛花中含有的异黄酮类物质可能引发过敏反应，表现为皮肤瘙痒、红斑或呼吸困难等症状。有动物实验表明大剂量葛花提取物可能影响肝功能指标，虽然人类临床数据不足，但长期饮用仍需警惕药物性肝损伤风险。需特别注意葛花茶与抗凝药物、免疫抑制剂等可能存在相互作用，可能影响药物代谢速度。
饮用葛花茶每日建议不超过300毫升，连续饮用不宜超过3个月。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女、婴幼儿应避免饮用。出现心慌、出冷汗等低血糖症状时应立即停用并检测血糖。储存时需注意防潮防霉变，霉变的葛花茶可能产生有毒黄曲霉毒素。若需要长期饮用，建议每季度进行肝肾功能检查，并根据体质变化调整饮用方案。