自慰本身一般不会直接导致生殖器感染，但某些情况下可能增加感染风险。生殖器感染通常与病原体入侵有关，而规范的自慰行为若未造成黏膜破损且保持卫生，通常不会引起感染。
自慰时若手部或周围环境不洁净，可能将外界细菌带入尿道或生殖器表面，从而诱发局部感染。例如金黄色葡萄球菌或大肠杆菌可能通过接触传播，导致尿道炎或包皮龟头炎。此外，频繁、剧烈的自慰动作可能造成皮肤微小破损，为细菌定植创造条件。对于女性而言，不当的自慰方式可能破坏阴道菌群平衡，增加念珠菌感染概率。
存在原有生殖系统疾病时，自慰可能成为感染加重的诱因。若本身患有前列腺炎、阴道炎等疾病，生殖器处于充血状态时更易发生病原体扩散。建议保持手部清洁，避免使用刺激性物品，控制自慰频率。若出现异常分泌物、疼痛或灼热感等症状，应及时到正规医院泌尿外科或妇科就诊检查。